En los últimos años, la industria ha jugado un papel creciente en la financiación de las AAPP sanitarias, que han ido permitiendo paulatinamente que muchas de sus actividades sean financiadas por la industria, a veces de modo exclusivo. Congresos y material para congresos, bolsas de viaje, becas de formación, páginas web, talleres, actividades de las juntas directivas, revista de la sociedad y un largo etcétera suponen parte de esta financiación. Ya hace años se afirmó que en nuestro país no se podrían hacer congresos sin la colaboración económica de la industria y que incluso las propias AAPP sanitarias no podrían existir sin sus aportaciones. En la actualidad esta situación ha empeorado y las AAPP son muy dependientes de las aportaciones de la industria, lo que claramente amenaza su independencia. Sin embargo, dicha financiación no es gratuita y demanda contrapartidas. En ocasiones, la agenda de las AAPP acaba siendo la agenda de la industria, lo que mina las decisiones de las primeras y su reputación. Algunos han indicado que estas prácticas no hacen sino poner en venta las AAPP sanitarias. La labor formativa que desarrollan las AAPP es a veces guiada por la promoción de productos de la industria, llegándose a afirmar que la financiación de la formación médica continuada en su forma actual es inaceptable y no debería continuar. El alcance del conflicto de intereses en las AAPP sanitarias es desconocido. Es muy difícil de medir y hay muy pocos estudios que lo hayan analizado o discutido, aunque la literatura al respecto está aumentando, lo que refleja una creciente preocupación por este tema.
En España, la mayoría de las asociaciones profesionales sanitarias tienen un ámbito nacional, aunque muchas de ellas tienen secciones o sociedades autonómicas. El número de asociados es variable, desde pocos cientos a varios miles y sus informaciones o mensajes tienen gran calado en los medios de comunicación. Algunas AAPP españolas manejan presupuestos anuales de varios millones de euros.
Muchas de ellas se han dotado de fundaciones para poder gestionar sus fondos con mayor facilidad, ya que es a esas fundaciones a las que la industria hace directamente sus aportaciones económicas. La industria también ha creado fundaciones a través de las cuales puede financiar a las AAPP sanitarias.
La industria dedicó 453 millones de euros a ensayos clínicos en 2008 en España, cifra que se ha duplicado en los últimos 7 años. Asimismo, creció significativamente la inversión extramuros de las compañías farmacéuticas. Sin embargo, la inversión en estudios de fase IV, de postcomercialización, descendió en un 10%. En nuestro país, la problemática del conflicto de intereses apenas ha sido analizada, aunque existen algunos estudios al respecto con resultados reveladores. Así, Moliner y cols observaron que el 92,8% de los autores correspondientes de artículos publicados en 9 revistas médicas españolas en 2007 habían recibido algún tipo de financiación de la industria en el último año.
La dádiva más frecuente era la inscripción o viajes a congresos. Otro estudio indica que el 70% de los médicos encuestados consideraba ético aceptar inscripciones a congresos o cursos y un 20% el pago de viajes. La inscripción a congresos y el pago de viajes para asistir a ellos sirven para financiar a las AAPP sanitarias.
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